Im Jahr 2000 schloss er sein Studium an der Akademia Muzyczna im. Fryderyka Chopina in Warschau in der Klasse von Prof. Joachim Grubich ab. In späteren Jahren war er Doktorandenstipendiat an der University of North Texas (USA), wo er unter der Leitung von Prof. Jesse E. Eschbach studierte.

Er konzertiert in den meisten Ländern Europas, in Russland, in Asien (China, Aserbaidschan) sowie in den USA (insgesamt hat er über tausend Solo- und Kammerkonzerte gegeben). Er trat mit Orgelrezitalen an so renommierten Orten auf wie: Notre-Dame-Kathedrale in Paris, Kathedrale in Lausanne, Kathedrale in Freiberg, Kathedrale in Brügge, University Chappell in Glasgow, Katholische Kathedrale in Moskau, Meyerson Symphony Hall in Dallas (USA) sowie Kathedrale Our Lady of the Angels in Los Angeles, in der er am 11. November 2018 ein Konzert zum hundertsten Jahrestag der Wiedererlangung der Unabhängigkeit Polens gab. Im Jahr 2024 gab er zwei Konzerte beim renommierten Gulangyu Music Festival in China auf der größten Orgel Asiens.

Der Künstler gab außerdem über 50 Solo-Orgelrezitale, die in Philharmonien und Konzertsälen u.a. in Belarus, China, Lettland, Moldawien, Russland, Rumänien sowie in den USA präsentiert wurden.

Jan Bokszczanin nahm über zwanzig CD-Alben mit Orgelmusik für renommierte Plattenlabels auf, und im Jahr 2012 erschien im Verlag Polihymnia seine Monografie „Główne tendencje rosyjskiej i radzieckiej muzyki organowej“. Im selben Verlag erschienen unter seiner Redaktion sieben Hefte mit Werken von Marian Sawa. Darüber hinaus sammelte und bereitete er eine 12-bändige Anthologie – „Arcydzieła muzyki organowej“ – zum Druck vor, die eine Sammlung von Orgelmusik der Renaissance und des Barock aus verschiedenen Zentren Europas darstellt.

Viele zeitgenössische Komponisten schrieben für ihn ihre Werke, u.a.: Paul Ayres, Miłosz Bembinow, Carson Cooman, Krzesimir Dębski, Alicja Gronau-Osińska, Paweł Łukaszewski, Thierry Pallesco, Dariusz Przybylski, Weronika Ratusińska, Marian Sawa, Piotr Tabakiernik, Piotr Wróbel sowie Ignacy Zalewski. Marian Sawa widmete ihm elf Werke.
Der Künstler realisierte über fünfzig Uraufführungen von Orgel- und Kammerwerken.

Jan Bokszczanin ist auch Organisator des Musiklebens – künstlerischer Leiter des Legionowoer Festivals für Kammer- und Orgelmusik sowie anderer Konzertzyklen.

Er leitete zahlreiche Meisterkurse in Ländern wie China, Italien, Spanien (im Rahmen des Programms Erasmus+), Russland und Belarus.
Mehrfach war er Jurymitglied verschiedener internationaler und nationaler Orgelwettbewerbe.

Prof. dr hab. Jan Bokszczanin leitet die Orgelklasse an der Uniwersytet Muzyczny Fryderyka Chopina in Warschau sowie in der Filiale in Białystok. In den Jahren 2016–2020 bekleidete er das Amt des Prodekans an dieser Hochschule.

Er ist außerdem Lehrer für Orgelspiel an der Staatlichen Musikschule Fryderyk Chopin in Sochaczew.

Im Jahr 2019 verlieh ihm der Minister für Kultur und Nationales Erbe das Ehrenabzeichen „Zasłużony dla Kultury Polskiej“, und im Jahr 2024 erhielt er die Bronzemedaille „Gloria Artis“.